《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
由狗统治的汪财星和由猫统治的喵美星都想和星星球建立联盟，于是各自派出亲善大使来星星球考察，并想办法拉拢星星球人。汪财星和喵美星是两个敌对的星球，他们同时来星星球的目的除了和星星球加强交流外，另一个原因就是为了不让对方好过。他们常常针锋相对，不断引发矛盾。超人们在继续守护星星球的同时，还必须防止汪财星人和喵美星人的争端引发星星球的危机。同时，两个大使的孩子就读超星学院，两孩子之间的争斗给校园增加了许多麻烦。
超迷你战士“迷你勇”和“迷你萌”跨越次元到达真人世界，勇气和快乐能量与富有满满正能量的快递小哥“红冲”合体，共同帮助人类打败烦恼。
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
天月满（今村彩夏 配音）是只身一人从老家来到大都市东京工作生活的女孩，入住了女性专属的合租房“Stella House春野”，在这里，小满很快就结识了一帮个性迥异的房客们。 个性开朗但身世神秘的桐山直（安济知佳 配音）、温文尔雅对一切都考虑的十分周到的绿川香枝（小松未可子 配音）、 阿直的妹妹，拥有着美丽外貌和意外成熟的性格的桐山真（内田真礼 配音），每天下班之后，这些可爱的女孩子们便会聚在一起，拿出她们各自亲睐的美酒，合着小菜佳肴，相互打趣吐槽，舒展劳累了一天的压力。作为对酒品尚处于懵懂的摸索阶段的小满也加入其中。
